https://www.genoglobe.com/kribb/ 2026-04-04T10:43:34+00:00 https://www.genoglobe.com/kribb/ https://www.genoglobe.com/kribb/_media/wiki/logo.png text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/3gs_longread_alignment?rev=1615954153&do=diff 3rd-Generation Sequenecing (3GS) long read mapping Minimap2 A versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences <https://lh3.github.io/minimap2/> Installation bioconda 환경에서 설치하였다. text/html 2023-08-17T04:00:26+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/16s_rrna_amplicon_sequencing%EC%9D%84_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_%EB%A9%94%ED%83%80%EA%B2%8C%EB%86%88_%EB%B6%84%EC%84%9D?rev=1692244826&do=diff 16S rRNA amplicon sequencing을 이용한 메타게놈 분석 16S rRNA는 모든 미생물이 공통적으로 지니고 있으며 universal primer pair를 이용한 증폭이 가능하므로 이를 기반으로 미생물 집단의 다양성을 분석하는 metagenome analysis가 널리 시행되고 있다. 최근에는 단순한 taxonomic profiling에 그치지 않고 shotgun metagnomics에 의해서 미생물 집단의 기능 또는 대사경로를 비교 분석하는 방법의 중요성도 부각되고 있다. 미생물 프로파일링에 널리 쓰이는 16S rRNA 유전자의 구조와 증폭용 프라이머의 위치 및 서열 정보는… text/html 2025-03-10T05:43:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/72_prokaryotic_genomes?rev=1741585413&do=diff 72 prokaryotic genomes * 이 작업의 이해를 돕기 위한 상위 페이지: Korea BioData Station (K-BDS) * 결말을 알고 싶다면 이 문서 맨 마지막 항목인 최종 정리를 먼저 클릭하여 읽는 것을 권장함 당시 시퀀싱되었던 균주는 KCTC 번호가 부여된 것(대부분 표준균주)이 가장 많으며, 여기에는 DMSZ나 ATCC에서 들여와서 KCTC의 정식 컬렉션이 된 것도 있다. 샘플 ID를 '숫자' 또는 '숫자T'로 표기한 것은 KCTC 자원으로서 숫자는 KCTC 번호에 해당한다. 시퀀싱 대상에는 당시 KCTC 소속 연구자가 연구 과정을 통해 개별적으로 분리·동정한 것 또는 외부에서 입수한 것 소수를 포함한다. 이런 부류의 것은 대부분 공식 KCTC 컬렉션이 아니다.… text/html 2023-06-21T01:27:34+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/anaconda_%EC%82%AC%EC%9A%A9%ED%95%98%EA%B8%B0?rev=1687310854&do=diff Anaconda 사용하기 Conda, Anaconda, Miniconda Conda는 패키지 관리자의 일종이며 Anaconda는 python, R로 만들어진 과학 컴퓨팅 분야의 패키지 모음을 제공하는 배포판이다. Anaconda 설치 파일은 이곳에서 각자의 시스템에 맞는 것을 골라서 사용하기 바란다. 라이선스와 가격 정책은 각자 알아보시길! text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/anvio?rev=1615954153&do=diff Anvi'o Anvi'o is an advanced analysis and visualization platform for 'omics data. * Paper <https://peerj.com/articles/1319/> 개념도 * Anvi'o project page <http://merenlab.org/software/anvio/> “Anvi'o in a nutshell” * v5.1 “margaret” 소개 <https://github.com/merenlab/anvio/releases> * 현재 bioconda로 설치되는 최신 버전은 v4.0이다. 이를 확인하려면 'anvi-profile text/html 2023-08-11T07:48:26+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/average_nucleotide_identity_ani_%EC%9D%98_%EA%B3%84%EC%82%B0?rev=1691740106&do=diff Average Nucleotide Identity(ANI)의 계산 온라인에서 ANI 계산을 할 수 있는 곳으로 잘 알려진 것은 Kostas lab의 ANI calculator와 EzBioCloud(구 천랩)의 ANI Calculator가 있다. 후자의 프로그램은 BLAST가 아닌 USEARCH 기반의 OrthoANIu 알고리즘을 사용하여 상동 유전체 절편 사이의 평균 identity를 구하는 것이 특징이다. text/html 2025-01-16T01:30:19+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/batch_download_of_ncbi_genomes?rev=1736991019&do=diff NCBI에서 특정 분류군에 속하는 미생물 유전체를 일괄적으로 다운로드하기 페이지네임을 한글로 길게 만들었더니 저장이 되지 않는 현상을 발견하였다. DoluWiki의 문제인 듯. NCBI에서 제공하는 공식 문서 text/html 2022-04-28T13:25:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/big_data_concert?rev=1651152333&do=diff 2022 빅데이터 콘서트 학습 정보 강의 다시 듣기 - 로그인 필요 * 1주차(2/15): 유방암 데이터 Fixed_Length.csv text/html 2025-01-24T07:21:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/biosample_submission_to_k-bds?rev=1737703306&do=diff BioSample submission to K-BDS 이 문서에서는 미생물(microbe) 샘플 다수를 한꺼번에 K-BDS의 BioSample에 등록하는 방법에 대해서 기술하고자 한다. 따라서 2024년 고도화 버전의 공개 이후 약간을 달라진 등록 웹사이트에서 정보를 하나씩 입력하는 방법이 아니라 엑셀 template file을 다운로드한 뒤 필요한 컬럼을 채워나가는 방법을 쓰는 것이 좋다. K-BDS 웹사이트의 support text/html 2023-08-17T00:05:17+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/blast_score_ratio_bsr_%EC%9D%84_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_%EB%A7%88%EC%BB%A4_%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%9E%90%EC%9D%98_%ED%83%90%EC%83%89?rev=1692230717&do=diff BLAST score ratio(BSR)을 이용한 마커 유전자의 탐색 LS-BSR(large scale BSR)은 대량의 유전체 서열을 대상으로 하여 정해진 마커 유전자(염기 혹은 아미노산 서열)이 존재하는지 여부를 확인하는 프로그램이다. BSR(BLAST Score Ratio)란 (검색 대상 유전체에서 찾아진 hit의 BLAST bit score)/(자기 자신에 대한 BLAST bit score)로 표현되는 비율로서 0에서 1 사이의 값을 가지며, BSL이 1에 가까울수록 유전체 내에 해당 마커 유전자가 존재할 가능성이 높다고 볼 수 있다. 유전체 서열은 annotation이 되지 않은 FASTA 파일로 주어져야 하며, 마커 유전자를 제공하지 않으면 gene prediction을 먼저 수행하여 이를 상호 비교하여 작업을 개시한다. 따라서 pan-genome과 관련한 계산치를 제공한다는 측면에서 Roary와 비교할 수 있으나 성격은 좀 다르다. 두 프로그램의 비교에 대해서는… text/html 2023-06-21T07:17:58+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/breseq%EC%9D%84_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_%EB%B3%80%EC%9D%B4_%ED%83%90%EC%83%89?rev=1687331878&do=diff Breseq을 이용한 변이 탐색 Breseq은 haploid bacterial genome을 대상으로 하는 변이 발굴 파이프라인으로서는 가장 진보한 것이라고 평할 수 있다. 이 프로그램은 short read의 정밀한 매핑을 통해서 SNV는 물론 큰 규모의 deletion뿐만 아니라 new junction의 예측도 가능하며, population 샘플에 대한 분석도 지원한다. Html 파일로 제공되는 보고서의 형태 매우 상세한 정보를 수록하고 있다. Breseq은 샘플 집단이 유전적으로 균일하지 않은 경우 polymorphism을 검출하는 옵션을 사용할 수 있다(-p,… text/html 2022-03-27T00:07:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/comarative_programming_linguistics?rev=1648339653&do=diff Comparative programming linguistics 전문적인 프로그래머도 아니면서 몇 개의 언어를 조금씩 다루다 보니 혼동스러운 것이 있어서 이를 정리하고자 본 문서를 만들었다. 이른바 '비교 프로그래밍 언어학'이다. 각 항목에 대한 정리 순서는 Perl text/html 2024-03-13T00:26:27+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/consed_28_in_2024?rev=1710289587&do=diff 2024년에 다시 만나는 Consed 28 consed_linux.tar.gz에 포함된 5개의 바이너리 중 Ubuntu 22.04 LTS에서 작동하는 것은 일부이다. $ ./consed_linux32bit -v Version 28.0 (141216) $ ./consed_linux32bit_dyn -v ./consed_linux32bit_dyn: error while loading shared libraries: libXt.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory $ ./consed_rhel4linux64bit -v ./consed_rhel4linux64bit: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory $ ./consed_rhel4linux64bit_s… text/html 2022-03-24T03:37:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/data_download_from_ncbi?rev=1648093053&do=diff Data download from NCBI 명령행 환경에서 NCBI의 자료를 다운로드하는 방법을 정리하였다. 게으른 사람을 위하여 accession number 또는 identifier를 파일로 정리한 뒤 Batch Entrez에 입력한다. 검색 결과는 원하는 형태로 전환하여 파일로 받으면 된다. text/html 2023-06-21T00:09:07+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/docker_%EC%82%AC%EC%9A%A9%ED%95%98%EA%B8%B0?rev=1687306147&do=diff Docker 사용하기 * 참고: Docker documentation Docker 사용자는 docker 그룹에 속해야 하므로 필요하면 관리자에게 요청한다('usermod –aG docker $USER' 명령). Docker 서비스가 실행 중인지를 systemctl 명령으로 먼저 확인한다. Docker 서비스의 시작 및 중단은 관리자만 가능하다. text/html 2023-06-22T08:26:21+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/e-direct%EB%A1%9C_%EB%AA%85%EB%A0%B9%ED%96%89%EC%97%90%EC%84%9C_entrez_db_%EC%A0%91%EA%B7%BC%ED%95%98%EA%B8%B0?rev=1687422381&do=diff E-direct로 명령행에서 Entrez DB 접근하기 기본 개념 및 설치 방법 Entrez는 미국 NCBI가 보유한 biomedical database의 통합적 질의 시스템 혹은 웹 포털을 의미한다. NCBI에서는 유닉스 혹은 리눅스의 명령행 환경에서 Entrez에 직접 접속하여 검색을 실시하고 그 결과를 활용하는데 필요한 유틸리티를 제공하고 있는데, 이것이 바로 text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/gbkinfo_script?rev=1615954153&do=diff gbkInfo script GenBank flat file을 열어서 locus tag, product 등 기본 정보를 tab-delimited text file로 출력하고, CDS 정보는 표준출력으로 내보내는 스크립트이다. tr 옵션을 주면 아미노산 서열로 번역이 되어 출력된다. 용도에 따라 여러 가지 형태로 변형하여 사용했었지만, 아래에 소개한 text/html 2023-06-21T07:23:29+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/harvest_suite%EB%A5%BC_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_%EC%8B%A0%EC%86%8D%ED%95%9C_%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4_%EB%B9%84%EA%B5%90%EC%99%80_%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94?rev=1687332209&do=diff Harvest suite를 이용한 신속한 유전체 비교와 시각화 Harvest suite는 core genome 분석(parsnp), 시각화(gingr) 및 파일 전환/후처리(harvesttools)로 이루어진 도구의 모음으로서 한 종에 속하는 미생물 유전체의 빠른 비교에 매우 유용하다. Snippy와 근본적으로 다른 점은 NGS read가 아니라 assembled sequence만을 대상으로 하며, 본격적인 variant analysis 프로그램이 아니므로 아미노산 변화 등에 대한 정보를 직접적으로 제공하지는 않는다.… text/html 2023-08-17T00:06:25+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/itol%EC%97%90%EC%84%9C_annotated_tree_%EB%A7%8C%EB%93%A4%EA%B8%B0?rev=1692230785&do=diff iTOL에서 annotated tree 만들기 iTOL(Interactive Tree Of Life)는 트리라는 기본 데이터 위에 다른 분석 자료를 얹어서 시각화할 수 있는 웹 도구이다. 사용자 등록을 하면 데이터의 관리 및 공유가 가능하며, 논문으로 투고용으로 그대로 쓸 수 있는 고해상도 이미지 파일을 제공한다. 사용법에 대한 상세한 설명은 text/html 2025-01-16T03:18:02+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/k-bds?rev=1736997482&do=diff Korea BioData Station (K-BDS) K-BDS란 국가연구개발사업으로 생성된 바이오 분야의 연구 성과를 등록하고 공유하는 KOBIC의 서비스이다. 바이오 분야의 학술논문을 내고자 할 때 데이터를 공개된 리포지토리에 올려서 사전에 공개하는 것이 하나의 상식으로 되어 있다. K-BDS는 국외 리포지토리의 대안으로서 2022년부터 서비스를 시작하였다. 우리나라에서는 이것에 더하여 연구성과물의 사후 관리를 위한 시스템으로 쓰이고 있다.… text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/kmer_analysis?rev=1615954153&do=diff K-mer analysis software khmer SGA preqc KAT - The K-mer Analysis Toolkit 일반 정보 * 논문: KAT: a K-mer analysis toolkit to quality control NGS datasets and genome assemblies. Bioinformatics (2016) PubMed * GitHub Documentation 설치 bioconda를 이용하여 설치하였다. CentOS 6.x에서 bioconda로 설치한 gnuplot은 약간 까다로운 에러를 발생한다. text/html 2025-01-20T03:56:14+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/list_of_public_genomes_for_comparison?rev=1737345374&do=diff Public genomes for comparison 향후 변동될 수 있으며 다음에 보인 KRIBB 등록 균주 중 일부(별표)는 표준 균주가 아니다(KRIBB에서 이미 등록한 genome을 포함하였음; 그러나 본 프로젝트와 관련이 없을 수도 있음). KRIBB 등록 균주가 아닌 것은 전부 표준 균주이다. 각 row는 <assembley accession> <name> <strain name>의 컬럼으로 이루어져 있다. Name은 예전에는 species + strain까지 다 포함하여 등록을 하는 경향이 있었지만 요즘은 species name으로 줄여서 등록하고 균주명은 별도로 등록하는 경향이 있다.… text/html 2025-07-02T04:26:59+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/long_read_assembly_2024?rev=1751430419&do=diff Long read assembly 2024 이 위키페이지는 2024년 여름에 다시 미생물 유전체 조립 업무를 시작하면서 개인적으로 사용하는 서버 환경에서 작업한 것을 기록하기 위하여 생성하였다. * AMD Ryzen 9 5950X 16-core processor, 128 text/html 2023-08-17T00:33:52+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/long_read_sequencing_%EA%B2%B0%EA%B3%BC%EB%AC%BC_%EB%8B%A4%EB%A3%A8%EA%B8%B0?rev=1692232432&do=diff Long read sequencing 결과물 다루기 외부 시퀀싱 업체에서 long read 기반의 미생물 유전체 해독을 의뢰하는 경우 대부분 de novo assembly를 하여 완성 수준의 contig 서열을 만들어 제공하게 된다. 그러나 raw data를 직접 다루거나 자체적으로 조립을 실시하여 여러 가지 측면에서 평가를 하는 것이 중요할 때가 있다. Canu 또는 SPAdes와 같이 널리 쓰이는 assembler는 short/long read data의 단독 조립 및 hybrid assembly 기능도 제공한다. 호주 멜버른 대학에서 제공하는… text/html 2023-06-28T05:47:53+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/microbial_varaint_calling?rev=1687931273&do=diff Microbial variant calling BAM file을 정렬 및 인덱싱한 뒤 bcftools(SAMtools와 같이 설치됨)을 실행한다. BAM file은 sort가 먼저 되어 있어야 인덱싱이 가능하다. $ samtools faidx GCF_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna $ samtools index BL21_sorted.bam $ bcftools mpileup -f GCF_000017985.1_ASM1798v1_genomic.fna BL21.bam | bcftools call --ploidy 1 -mv -Ob -o calls.bcf text/html 2023-06-21T04:16:19+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/ngs_read_simulator?rev=1687320979&do=diff NGS read simulator 각 시퀀싱 장비에서 만들어지는 read는 길이와 정확도 등 특성이 전부 다르다. 생명정보 분석 프로그램을 활용하기 위해서는 다양한 NGS read data를 다루어 보는 것이 중요하지만 실제의 데이터를 전부 생산해 볼 수는 없다. text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/ont_sequencing_data_analysis?rev=1615954153&do=diff Data analysis for Oxford Nanopore sequencing * MinION Mk1B (product code MIN-101B) * Flow cell: Spot-On Flow cell MkI (product code FLO-MIN106 R9) * 구동용 컴퓨터: Xeon E5520 @2.27, 16 GB memory, Ubuntu 14.04.5 LTS EPI2ME에서는 더 이상 basecall을 진행하지 않으므로 Albacore를 설치하여 local basecalling을 하라는 고객 센터의 알림이 있었다. 단, MinKNOW 설정 창의 Basecalling(Live or None 중에 선택)에서 나타나는 Live basecalling은 Albacore를 뜻하는 것이 아니라 1D sequencing protocol을 위해 내장된 것이다.… text/html 2023-06-28T04:07:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/pan-genome_analysis?rev=1687925267&do=diff Pan-genome analysis 세균의 종을 구성하는 유전체는 모든 균주에게 공통적으로 존재하는 유전자 집합인 core genome(orthologs)과 각 균주에 특이적으로 존재하는 유전자의 모임인 accessory genome의 두 부분으로 나누어 정의할 수 있다. Core genome과 accessory genome의 합을 pan-genome이라 부르며, 종 수준에서 세균 유전체의 진화가 일어날 수 있는 실질적인 경계로 여겨진다. 물론 미생물 세계에서는 종 단위를 뛰어넘은 유전자의 수평적 이동이 빈번하게 일어나는 것으로 알려져 있다.… text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/plasmidprofiler?rev=1615954153&do=diff Plasmid Profiler 개요 블로그에 작성했던 글: Docker를 통해 배우는 Galaxy와 Plasmid Profiler <= 이 글에서는 중간 단계에 데이터가 처리되는 방식에 대하여 학습한 것을 설명해 놓았다. 간단한 설명 Plasmid profiler is a pipeline to perform comparative plasmid content analysis. It is designed to rapidly bin plasmid content using KAT, Short Read Sequence Typing, and BLAST followed by scoring hits based on a combined measure of maximized coverage and minimized sequence divergence. Hits are then visualized in both static and interactive heatmaps as well as arra… text/html 2023-06-28T06:49:55+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/primer_design?rev=1687934995&do=diff Primer design SARS-CoV-2 검출을 위한 PCR 프라이머 설계 MSA-based... 관련 도구 모음 * trimAl <https://github.com/inab/trimal> * ClipKIT * MView * ANDES: Statistical tools for the ANalyses of DEep Sequencing * PrimerDesign-M * EasyPrimer 설계된 프라이머의 evaluation * Multiple Primer Analyzer * <https://mfeprimer3.igenetech.com/spec> text/html 2025-07-03T03:31:09+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023?rev=1751513469&do=diff Prokaryotic genome analysis manual 이 위키 사이트와 블로그에 흩어져 있는 미생물 유전체 분석 관련 정보를 일목요연하게 정리하기가 쉽지 않아서 아예 별도의 문서 체계를 만들기로 하였다. 2019년부터 내부 교육용으로 만들어 계속 업데이트를 해 온 약 130쪽 분량의 문서 파일 ' text/html 2023-06-28T06:59:00+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/prophage_%EC%84%9C%EC%97%B4_%EC%B0%BE%EA%B8%B0?rev=1687935540&do=diff Prophage 서열 찾기 박테리오파지는 세균의 생존과 진화 과정에 매우 중요한 영향을 미치는 요소이다. 세균의 염색체에 삽입된 박테리오파지의 유전체, 즉 prophage는 주변부의 유전자 발현에 영향을 미치거나 병원성 인자 혹은 항생제 내성 유전자의 전파에도 관여한다. text/html 2022-04-28T13:22:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/python_note?rev=1651152124&do=diff 파이썬 노트 잡담 파이썬의 변수명에는 점('.')을 쓰면 안 된다. 점은 object class의 method 또는 attribute에 접근하는 방법이기 때문이다. 깊은 복사와 앝은 복사를 구별할 줄 알아야 한다. pandas.DataFrame text/html 2023-06-26T11:02:47+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/roary?rev=1687777367&do=diff Roary를 이용한 미생물 유전체의 비교 분석 이 문서는 Roary를 처음 접하는 사람을 위한 입문서가 아니므로 Roary및 이와 더불어 필요한 다른 프로그램의 설치 방법 및 기본 사용법에 대해서는 따로 설명하지 않는다. Pan genome pipeline인 Roary의 기능을 아주 간단하게 정의한다면 '(Roary) takes annotated assemblies in GFF3 format and calculates the pan genome'이 된다. text/html 2023-06-28T23:56:10+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/short_read%EB%A5%BC_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4_%EC%A1%B0%EB%A6%BD_de_novo_assembly?rev=1687996570&do=diff Short read를 이용한 유전체 조립 다양한 de novo assembler 활용 De Bruijn graph를 사용한 Illumina short read assembly에는 Velvet 혹은 SPAdes가 적합하다(지금도 계속 개정판이 나오는 SPAdes 권장). Velvet은 직접 실행하는 것보다 text/html 2023-06-21T06:47:46+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/snp_distance%EC%9D%98_%EA%B3%84%EC%82%B0?rev=1687330066&do=diff SNP distance의 계산 Snippy와 prokka 등 유용한 생명정보분석용 프로그램을 개발한 Torsten Seemann은 FASTA alignment에서 SNP distance matrix를 계산하는 유틸리티인 snp-dists를 제공하기도 하였다. $ snp-dists core.aln This is snp-dists 0.6.3 Read 5 sequences of length 31421 snp-dists 0.6.3 Af650 Aichi2011 Ehime2011 Fukuoka2010 Ibaraki2007 Af650 0 7173 9704 4638 4640 Aichi2011 7173 0 11339 7107 7109 Ehime2011 9704 11339 0 9966 9968 Fukuoka2010 4638 7107 9966 0 2 Ibaraki2007 4640 7109 9968 2 0… text/html 2023-06-21T07:37:42+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/the_nothern_arizona_snp_pipeline_nasp?rev=1687333062&do=diff The Nothern Arizona SNP pipeline (NASP) NASP: an accurate, rapid method for the identification of SNPs in WGS datasets that supports flexible input and output formats. Microbial Genomics (2016) <https://doi.org/10.1099/mgen.0.000074> <https://github.com/TGenNorth/NASP> 현 버전(v1.2.0)은 더 이상 업데이트를 하지 않고 개정 중이라 한다. 관심을 갖고 지켜 보겠다. text/html 2025-07-28T23:03:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/tormes_pipeline%EC%9D%84_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_bacterial_wgs_analysis?rev=1753743793&do=diff TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis 상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 TORMES를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/… text/html 2021-03-17T04:09:13+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/transcriptome_analysis_using_clc?rev=1615954153&do=diff CLC Genomics Workbench를 이용한 전사체 분석 관련 자료 링크 * User manual(온라인 매뉴얼 및 PDF 매뉴얼) * 튜토리얼 보관소: Expression analysis 섹션 참고 * Microarray-basd expression analysis(샘플 데이터): RNA-seq에도 적용 가능하다. * Expression analysis using RNA-Seq data Advanced RNA-Seq 무료 플러그인을 설치해야 한다. text/html 2025-07-03T04:06:37+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/vsearch?rev=1751515597&do=diff VSEARCH 이 위키 페이지를 만든 것은 2025년, 그러나 오래전인 2018년 내 블로그에 Usearch 맛보기라는 글을 쓴 일이 있었다. VSEARCH는 Robert Edgar의 유명한 Usearch의 기능을 갖도록 만든(그리고 더 빠른?) 공개 소프트웨어이다. text/html 2023-06-29T01:05:30+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/whole-genome_alignment?rev=1688000730&do=diff Whole-genome alignment 유전체 서열의 쌍을 1:1로 비교하여 dot plot을 만드는 GUI 프로그램으로는 gepard가 있다. 단일 염기서열을 자체 비교하면 반복 구조라든가 서열의 양 끝에 나타나는 겹침을 검출할 수 있다. 입력 파일이 multi FASTA인 경우 파일 내의 순서 그대로 서열을 이어 붙여서 dot plot을 생성한다. Windows 환경에서 쓰려면 text/html 2025-02-07T07:50:11+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/zga_log_file_example?rev=1738914611&do=diff ZGA log file example KNA 'genome'의 메타데이터에 넣어야 하는 상당수의 정보가 이 파일에 들어 있다. Genome completeness/contamination/heterogeneity에 문제가 있는 경우 - WARNING - 이 표시된다. 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - ZGA ver. 0.0.9post2 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - Full log location: /data/project/52_KCTC_72_microbial_genomes_2014_Apr/01_Illumina_2014-04-16/09_47_samples_zga_again/zga_12221T/zga.log 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - Checking input files. 2025-02-07 10:08:20,906 - DEBUG - Input reads: [{'type': 'short', 'forw… text/html 2025-02-23T03:57:33+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EA%B3%84%ED%86%B5%EC%88%98_%EC%9E%91%EC%84%B1%ED%95%98%EA%B8%B0?rev=1740283053&do=diff 계통수 작성하기 Roary 또는 다른 multiple sequence alignment(MSA) 소프트웨어로 만들어진 다중 염기서열 정렬(MSA) 결과물을 trimAl로 트리밍한 뒤 FastTree로 처리하면 신속하게 approximately-maximum likelihood tree를 얻을 수 있다. 진짜 maximum likelihood(ML) tree를 얻으려면 text/html 2025-09-19T08:43:12+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EB%B6%80%EB%A1%9D_%EC%9C%A0%EC%9A%A9%ED%95%9C_%ED%8C%81_%EB%AA%A8%EC%9D%8C?rev=1758271392&do=diff [부록] 유용한 팁 모음 EMBOSS, seqtk, BBMap 등 서열 데이터를 용이하게 다룰 수 있는 상당히 많은 종류의 생명정보학 응용프로그램이 이미 존재하고 있으며, 파이썬이나 펄을 이용하여 원하는 기능을 수행하는 스크립트를 손수 작성하는 것도 가능하다. 그러나 리눅스에 기본적으로 설치된 일반 유틸리티를 bash 환경에서 적절히 활용하면 작업의 작업의 능률을 크게 향상시킬 수 있다. 이러한 도구를 사용하여 서열 자료를 다루는 기법을 부록에서 소개하고자 한다. 또한 명령행 환경에서 유용하게 활용할 수 있는 힌트를 제시한다. 일부는 본문에서 다루어진 것도 있다.… text/html 2023-08-11T01:37:39+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%83%81%EB%8F%99%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%9E%90%EC%9D%98_%EB%8F%99%EC%A0%95_inter-species?rev=1691717859&do=diff 상동유전자의 동정(inter-species) 이전 단원에서 소개한 pan-genome은 미생물의 종 내, 즉 intra-species level(inter-strain)에서 정의되는 개념이므로, 종 경계를 넘어서는 생명체의 유전체를 서로 비교하여 공통적으로 존재하는 유전자를 찾아내려면 다른 방법을 사용해야 한다. text/html 2023-06-26T00:45:49+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%84%9C%EC%97%B4_%EB%8D%B0%EC%9D%B4%ED%84%B0%EB%B2%A0%EC%9D%B4%EC%8A%A4%EC%9D%98_%EA%B2%80%EC%83%89_blast?rev=1687740349&do=diff 서열 데이터베이스의 검색(BLAST) NCBI에서는 BLAST Help를 통해서 BLAST 프로그램 및 데이터베이스에 대한 짧은 소개, BLAST 데이터베이스에 대한 설명, 그리고 데이터베이스 설치 방법 등 풍부한 문서 자료를 제공한다. 블로그 형식을 갖춘 text/html 2023-06-21T07:28:06+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%84%B8%EA%B7%A0_%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4%EC%9D%98_snp_%EB%B0%9C%EA%B5%B4%EC%9A%A9_%ED%94%84%EB%A1%9C%EA%B7%B8%EB%9E%A8_%EC%84%B1%EB%8A%A5_%EB%B9%84%EA%B5%90_%EB%85%BC%EB%AC%B8?rev=1687332486&do=diff 세균 유전체의 SNP 발굴용 프로그램 성능 비교(논문) SNP 발굴은 적합한 참조 유전체 서열의 선정, read의 매핑, variant calling에 이르기까지 몇 개의 단계를 거쳐서 진행되는데, 앞에서 일부 소개했듯이 각각에 대하여 사용할 수 있는 프로그램의 조합이 대단히 많고 그 성능도 전부 다르다. 이를 벤치마킹하는 연구는 주로 인간 유전체를 대상으로 이루어지고 있는 현실이다. 다음의 논문은 세균을 대상으로 하는 SNP calling 기법들을 서로 비교하고 있다. 각 논문에 딸린 supplementary material에는 simulated data 생성과 분석에 필요한 명령어가 들어 있어서 참조하기에 좋다.… text/html 2023-08-10T23:57:04+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%8B%A4%EC%8A%B5%EC%9A%A9_%EC%9E%90%EB%A3%8C?rev=1691711824&do=diff 실습용 자료 이 페이지는 실습용 자료 및 결과 파일의 전체 목록을 제공하기 위함이다. text/html 2023-08-11T15:40:53+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4_%EC%97%BC%EA%B8%B0%EC%84%9C%EC%97%B4%EB%A1%9C%EB%B6%80%ED%84%B0_%EB%B3%B4%ED%88%B4%EB%A6%AC%EB%88%94_%ED%86%A1%EC%8B%A0%EC%9D%98_%EC%84%9C%EB%B8%8C%ED%83%80%EC%9E%85_%EC%95%8C%EC%95%84%EB%82%B4%EA%B8%B0?rev=1691768453&do=diff 유전체 염기서열로부터 보툴리눔 톡신의 서브타입 알아내기 Toxin types 보툴리눔 신경독소(Botulinum neurotoxin, BoNT, gene은 일반적으로 bont로 표기)는 혈청학적 분석 방법을 통하여 A-G까지의 serotype으로 나뉘고, 다시 아미노산 유사도에 따라서 A1, A2, A3… 등의 42개의 subtype으로 세분화된다. Toxin serotype의 역사에 대해서는 T. J. Smith의 자료(' text/html 2025-07-28T23:15:45+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4_%EC%A3%BC%EC%84%9D%ED%99%94_genome_annotation?rev=1753744545&do=diff 유전체 주석화(genome annotation) 상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual 주석화 결과를 외부와 공유하고 관련 유전체와 비교 분석을 할 목적이라면 RAST(Rapid Annotation using Subsystem Technology) server에 회원 등록을 하고 염기서열 파일을 업로드하는 것으로 충분하다. 그러나 로컬 컴퓨터에 직접 프로그램을 깔아서 유전체 주석화를 실시하고 싶은 욕구는 누구나 갖고 있을 것이다. 어떤 프로그램이 있는지 알아보자.… text/html 2025-01-03T04:53:54+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%9D%BC%EB%A3%A8%EB%AF%B8%EB%82%98_%EB%8D%B0%EC%9D%B4%ED%84%B0%EC%9D%98_qc%EC%99%80_%EA%B8%B0%EB%B3%B8_%EC%A0%84%EC%B2%98%EB%A6%AC?rev=1735880034&do=diff 일루미나 데이터의 QC와 기본 전처리 Genome sequencing의 기본 목표는 (1) de novo assembly를 통한 새로운 유전체 서열의 구성, 또는 (2) re-sequencing을 통한 변이의 예측이다. Reference genome sequence가 필요한 것은 후자의 경우이다. 무엇을 목표로 하든 일루미나 장비에서 생산된 시퀀싱 raw data를 평가(데이터 자체를 변경하지 않는 탐색적 분석)하고 필요하다면 trimming 등의 적극적인 조작을 해야 한다.… text/html 2024-07-05T01:04:18+00:00 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%B0%B8%EC%A1%B0_%EC%84%9C%EC%97%B4%EC%97%90_%EB%8C%80%ED%95%9C_%EB%A7%A4%ED%95%91_reference_mapping_%EB%B0%8F_%EC%8B%9C%EA%B0%81%ED%99%94?rev=1720141458&do=diff 참조 서열에 대한 매핑(reference mapping) 및 시각화 BWA나 bowtie2와 같은 대중적인 short read aligner(mapper)를 써도 좋지만 prokaryotic genome 유래 데이터라면 SSAHA2 또는 smalt도 좋다. Read alignment 결과는 SAM 또는 BAM(specification documentation)으로 출력되고, 이는