https://www.genoglobe.com/kribb/ 2026-04-04T10:26:48+00:00 https://www.genoglobe.com/kribb/ https://www.genoglobe.com/kribb/_media/wiki/logo.png text/html 2025-09-19T08:43:12+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EB%B6%80%EB%A1%9D_%EC%9C%A0%EC%9A%A9%ED%95%9C_%ED%8C%81_%EB%AA%A8%EC%9D%8C?rev=1758271392&do=diff [부록] 유용한 팁 모음 EMBOSS, seqtk, BBMap 등 서열 데이터를 용이하게 다룰 수 있는 상당히 많은 종류의 생명정보학 응용프로그램이 이미 존재하고 있으며, 파이썬이나 펄을 이용하여 원하는 기능을 수행하는 스크립트를 손수 작성하는 것도 가능하다. 그러나 리눅스에 기본적으로 설치된 일반 유틸리티를 bash 환경에서 적절히 활용하면 작업의 작업의 능률을 크게 향상시킬 수 있다. 이러한 도구를 사용하여 서열 자료를 다루는 기법을 부록에서 소개하고자 한다. 또한 명령행 환경에서 유용하게 활용할 수 있는 힌트를 제시한다. 일부는 본문에서 다루어진 것도 있다.… text/html 2025-07-28T23:15:45+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4_%EC%A3%BC%EC%84%9D%ED%99%94_genome_annotation?rev=1753744545&do=diff 유전체 주석화(genome annotation) 상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual 주석화 결과를 외부와 공유하고 관련 유전체와 비교 분석을 할 목적이라면 RAST(Rapid Annotation using Subsystem Technology) server에 회원 등록을 하고 염기서열 파일을 업로드하는 것으로 충분하다. 그러나 로컬 컴퓨터에 직접 프로그램을 깔아서 유전체 주석화를 실시하고 싶은 욕구는 누구나 갖고 있을 것이다. 어떤 프로그램이 있는지 알아보자.… text/html 2025-07-28T23:03:13+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/tormes_pipeline%EC%9D%84_%EC%9D%B4%EC%9A%A9%ED%95%9C_bacterial_wgs_analysis?rev=1753743793&do=diff TORMES pipeline를 이용한 bacterial WGS analysis 상위 페이지 - Prokaryotic genome analysis manual 일루미나 플랫폼에서 생산된 미생물의 whole genome sequencing(WGS) analysis를 편리하게 도와주는 파이프라인인 TORMES를 소개한다. TORMES는 일루미나 시퀀싱 자료를 메타데이터 파일과 함께 제공하면 read에 대한 QC, 조립, reference 서열에 대한 순서 결정, MLST, annotation, 항생제 내성 유전자 예측 등을 자동적으로 실시하며, -g/… text/html 2025-07-03T04:06:37+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/vsearch?rev=1751515597&do=diff VSEARCH 이 위키 페이지를 만든 것은 2025년, 그러나 오래전인 2018년 내 블로그에 Usearch 맛보기라는 글을 쓴 일이 있었다. VSEARCH는 Robert Edgar의 유명한 Usearch의 기능을 갖도록 만든(그리고 더 빠른?) 공개 소프트웨어이다. text/html 2025-07-03T03:31:09+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/prokaryotic_genome_analysis_manual_2023?rev=1751513469&do=diff Prokaryotic genome analysis manual 이 위키 사이트와 블로그에 흩어져 있는 미생물 유전체 분석 관련 정보를 일목요연하게 정리하기가 쉽지 않아서 아예 별도의 문서 체계를 만들기로 하였다. 2019년부터 내부 교육용으로 만들어 계속 업데이트를 해 온 약 130쪽 분량의 문서 파일 ' text/html 2025-07-02T04:26:59+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/long_read_assembly_2024?rev=1751430419&do=diff Long read assembly 2024 이 위키페이지는 2024년 여름에 다시 미생물 유전체 조립 업무를 시작하면서 개인적으로 사용하는 서버 환경에서 작업한 것을 기록하기 위하여 생성하였다. * AMD Ryzen 9 5950X 16-core processor, 128 text/html 2025-05-21T04:44:26+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/start?rev=1747802666&do=diff This is an “unofficial” wiki site of Genome Informatics Laboratory at KRIBB (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology). Please do not take an effort to find out what this research laboratory is about, because it is not an official (real) laboratory. This site contains pages written ether in English or in Korean. It's regrettable that pages in this site cannot be searched efficiently by Google! I don't know much about SEO (search engine optimization) text/html 2025-03-10T05:43:33+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/72_prokaryotic_genomes?rev=1741585413&do=diff 72 prokaryotic genomes * 이 작업의 이해를 돕기 위한 상위 페이지: Korea BioData Station (K-BDS) * 결말을 알고 싶다면 이 문서 맨 마지막 항목인 최종 정리를 먼저 클릭하여 읽는 것을 권장함 당시 시퀀싱되었던 균주는 KCTC 번호가 부여된 것(대부분 표준균주)이 가장 많으며, 여기에는 DMSZ나 ATCC에서 들여와서 KCTC의 정식 컬렉션이 된 것도 있다. 샘플 ID를 '숫자' 또는 '숫자T'로 표기한 것은 KCTC 자원으로서 숫자는 KCTC 번호에 해당한다. 시퀀싱 대상에는 당시 KCTC 소속 연구자가 연구 과정을 통해 개별적으로 분리·동정한 것 또는 외부에서 입수한 것 소수를 포함한다. 이런 부류의 것은 대부분 공식 KCTC 컬렉션이 아니다.… text/html 2025-03-06T07:52:35+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3Areadme_v3.pdf&ns=bioinfo&rev=1741247555&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/pdf.svg" alt="readme_v3.pdf" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-23T03:57:33+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/%EA%B3%84%ED%86%B5%EC%88%98_%EC%9E%91%EC%84%B1%ED%95%98%EA%B8%B0?rev=1740283053&do=diff 계통수 작성하기 Roary 또는 다른 multiple sequence alignment(MSA) 소프트웨어로 만들어진 다중 염기서열 정렬(MSA) 결과물을 trimAl로 트리밍한 뒤 FastTree로 처리하면 신속하게 approximately-maximum likelihood tree를 얻을 수 있다. 진짜 maximum likelihood(ML) tree를 얻으려면 text/html 2025-02-19T08:26:51+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3A20250219_56_kra_metadata.xlsx&ns=bioinfo&rev=1739953611&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/xlsx.svg" alt="20250219_56_kra_metadata.xlsx" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-19T06:03:41+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3A20250219_56_biosample_metadata.xlsx&ns=bioinfo&rev=1739945021&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/xlsx.svg" alt="20250219_56_biosample_metadata.xlsx" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-18T23:26:19+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3Asample_history.png&ns=bioinfo&rev=1739921179&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/_media/bioinfo/sample_history.png?w=500&amp;h=500&amp;tok=534631" alt="sample_history.png" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-11T23:13:54+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3Akra_metadata_46_strains_20250211.xlsx&ns=bioinfo&rev=1739315634&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/xlsx.svg" alt="kra_metadata_46_strains_20250211.xlsx" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-07T07:50:11+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/zga_log_file_example?rev=1738914611&do=diff ZGA log file example KNA 'genome'의 메타데이터에 넣어야 하는 상당수의 정보가 이 파일에 들어 있다. Genome completeness/contamination/heterogeneity에 문제가 있는 경우 - WARNING - 이 표시된다. 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - ZGA ver. 0.0.9post2 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - Full log location: /data/project/52_KCTC_72_microbial_genomes_2014_Apr/01_Illumina_2014-04-16/09_47_samples_zga_again/zga_12221T/zga.log 2025-02-07 10:08:20,906 - INFO - Checking input files. 2025-02-07 10:08:20,906 - DEBUG - Input reads: [{'type': 'short', 'forw… text/html 2025-02-04T10:09:28+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3A20250204_47_kra_metadata.xlsx&ns=bioinfo&rev=1738663768&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/xlsx.svg" alt="20250204_47_kra_metadata.xlsx" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-02-04T08:46:39+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/?image=bioinfo%3A20250204_47_biosample_metadata_revised_selected.xlsx&ns=bioinfo&rev=1738658799&tab_details=history&media_do=diff&do=media <img src="https://www.genoglobe.com/kribb/lib/images/fileicons/svg/xlsx.svg" alt="20250204_47_biosample_metadata_revised_selected.xlsx" loading="lazy" width="500" height="500" /> text/html 2025-01-24T07:21:46+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/biosample_submission_to_k-bds?rev=1737703306&do=diff BioSample submission to K-BDS 이 문서에서는 미생물(microbe) 샘플 다수를 한꺼번에 K-BDS의 BioSample에 등록하는 방법에 대해서 기술하고자 한다. 따라서 2024년 고도화 버전의 공개 이후 약간을 달라진 등록 웹사이트에서 정보를 하나씩 입력하는 방법이 아니라 엑셀 template file을 다운로드한 뒤 필요한 컬럼을 채워나가는 방법을 쓰는 것이 좋다. K-BDS 웹사이트의 support text/html 2025-01-20T03:56:14+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/bioinfo/list_of_public_genomes_for_comparison?rev=1737345374&do=diff Public genomes for comparison 향후 변동될 수 있으며 다음에 보인 KRIBB 등록 균주 중 일부(별표)는 표준 균주가 아니다(KRIBB에서 이미 등록한 genome을 포함하였음; 그러나 본 프로젝트와 관련이 없을 수도 있음). KRIBB 등록 균주가 아닌 것은 전부 표준 균주이다. 각 row는 <assembley accession> <name> <strain name>의 컬럼으로 이루어져 있다. Name은 예전에는 species + strain까지 다 포함하여 등록을 하는 경향이 있었지만 요즘은 species name으로 줄여서 등록하고 균주명은 별도로 등록하는 경향이 있다.… text/html 2025-01-20T00:44:58+00:00 hyjeong (hyjeong@undisclosed.example.com) https://www.genoglobe.com/kribb/unclassified?rev=1737333898&do=diff Unclassified topics trimAl * 논문 PubMed * <http://trimal.cgenomics.org/> * <http://trimal.cgenomics.org/getting_started_with_trimal_v1.2> [BioStars] Removing gapped columns from a multiple sequence alignment trimal -in test -out test_nogaps_trimal -nogaps Uses a heuristic method to decide which is the best automated method to trim the input alignment. trimal -in <inputfile> -out <outputfile> -automated1