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--- bioinfo:average_nucleotide_identity_ani_의_계산 [2023/06/26 16:06] – [쌍 형태의 ANI 자료를 매트릭스로 전환하기] hyjeong
+++ bioinfo:average_nucleotide_identity_ani_의_계산 [2023/08/11 16:48] (current) – [쌍 형태의 ANI 자료를 매트릭스로 전환하기] hyjeong
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   $ awk -F"," -v OFS="\t" 'NR!=1{print $1, $2, $4}' Ndb.csv > pairwise.txt
-실습을 통하여 dRep 계산과 MASH matrix를 만드는 방법을 알아보자. {{:bioinfo:ani_r_exercise.zip|}}을 다운로드하여 압축을 풀고 accessions.txt 파일에 수록된 정보를 이용하여 51개의 유전체 파일을 다운로드하고 압축해제 및 파일명 단순화를 한 뒤 dRep v3.4.3을 실행하고 이에 따른 후속 작업을 하는 명령어를 다음에 보였다. 특별히 지정하지 않으면 secondary clustering algorithm으로는 [[https://github.com/ParBLiSS/FastANI|fastANI]]가 쓰인다.
+실습을 통하여 dRep 계산과 MASH matrix를 만드는 방법을 알아보자. {{:bioinfo:ani_r_exercise.zip|}}을 다운로드하여 압축을 푼다. accessions.txt 파일에 수록된 정보를 이용하여 //Paenibacillus polymyxa// 및 관련 species에 속하는 51개 균주의 유전체 파일을 다운로드하고 압축해제 및 파일명 단순화를 한 뒤 dRep v3.4.3을 실행한 다음, 이에 따른 후속 작업을 하는 명령어를 다음에 보였다. 특별히 지정하지 않으면 secondary clustering algorithm으로는 [[https://github.com/ParBLiSS/FastANI|fastANI]]가 쓰인다.
   # accessions.txt의 각 줄을 분리하여 acc1,acc2,acc3,,,accN 형태의 문자열로 만드는 트릭을 눈여겨보라.